论文查重合格率的判断依据主要包括两个方面：一是查重工具的选择，二是重复率的标准。首先，选择一个权威的查重工具非常重要，比如Turnitin、iThenticate等，这些工具能够全面检测文献中的相似内容。其次，重复率的标准也是判断论文查重合格率的重要依据。一般来说，重复率在5%以内是比较安全的范围，超过10%就有可能被认定为抄袭。因此，要保证论文查重合格率，作者在写作过程中要注意引用规范，避免出现大段重复内容。

判断论文查重合格率可以从几个方面来考虑。首先是文献引用的规范性，引用他人观点或文字要注明出处，并符合学术规范。其次是论文的原创性，避免直接复制粘贴他人文章，要有自己的独立思考和表达。再者是重复率的控制，要注意避免论文中出现大段重复内容，可以通过改写、增加自己的见解等方式降低重复率。总的来说，合格的论文查重率是在保证原创性的前提下，合理引用他人观点并控制重复率在一定范围内。