论文查重系统的准确性对比主要包括以下指标：1.查重算法的准确性；2.查重结果的覆盖率；3.对抄袭文本的检测能力；4.对文本相似度的判断能力。评估方法可以通过构建标准数据集，比对系统输出结果与标准结果的差异来评估系统的准确性。

此外，还可以通过查重系统的误差率、查准率、查全率等指标来评估系统的准确性。在进行系统准确性对比时，需要考虑到不同领域、不同语种、不同文本类型等因素对系统性能的影响，综合考量各项指标，选择适合自身需求的查重系统。