知网查重附录程序在进行查重时是包含附录内容的。通常情况下，附录内容也会被纳入查重范围之内，因为附录部分同样是论文的重要组成部分。因此，使用知网查重附录程序进行查重时，附录部分的文本内容也会被系统检测和比对。

知网查重附录程序的查重功能是全面的。无论是正文部分还是附录部分，知网查重附录程序都会对文本内容进行查重比对。这样可以确保论文的整体原创性和学术诚信，避免论文中出现抄袭等问题。因此，在使用知网查重附录程序时，无需担心附录部分会被漏掉。